Las cámaras frigoríficas anexas a la lonja ocupan una superficie de 1.877 m2 e incluyen un túnel de congelado de 206 m3, tres cámaras frigoríficas a -25ºC, que suman 8.193 m3, y una cámara de fresco a 3ºC, de 777 m3. Además se ha previsto una sala para depósito regulador de moluscos y crustáceos con tanques alimentados con agua de mar.
Las cámaras cuentan con una zona de entrada con dos andenes de carga con abrigo retráctil y plataforma móvil para camiones. El movimiento interno se realiza a través de un pasillo de 6 metros que comunica el muelle de atraque de embarcaciones con el pasillo general de la lonja.